Året er 1903, og der er gået 22 år, siden sognepræsten Kai Schweigaard kom tilbage til Butangen med Astrid Heknes nyfødte søn, Jehans. Den tyngede sognepræst er stadig plaget af sine tidligere handlinger, som fik dødbringende konsekvenser og førte til, at bygdens betydningsfulde kirkeklokker blev adskilt.

Klokkerne blev støbt til minde om to sagnomspundne søstre i Astrids familie, og Kai bliver stærkt optaget af at finde et gammelt billedtæppe, som søstrene engang skabte, i håb om at det kan vise ham, hvordan han kan råde bod på sine misgerninger og bringe klokkerne sammen igen ...

Jehans lever under trange kår på en lille gård, efter han blev udstødt fra sin egen familie. Han søger i stedet friheden i bjergområderne nær Butangen, hvor han kan fiske og gå på rensdyrjagt. Men da han en augustmorgen dræber et mægtigt rensdyr og støder på en gådefuld jæger, ændres hans liv for altid.

Skæbnens blå tråde er en storslået historie om et Norge på vej ind i en ny tid, om skovrydning og forgæves slid, om tæmning af vandfald og det første elektriske lysglimt på landsbyens nattehimmel og om den store krig i Europa, hvor bror må kæmpe mod bror.