"Sjælenes Bibliotek" er tredje og sidste bind i trilogien om frøken Peregrines sælsomme børn. I tredje og sidste bind i den fantastiske fortælling om frøken Peregrines sælsomme børn undslipper Jacob, Emma og den talende hund Addison, som de eneste, de onde gejster. Sammen rejser de fra nutidens London tilbage til den victorianske tid for at redde Frøken Pergrine og deres venner og bekæmpe gejsterne, der vil stjæle sælsomme kræfter fra Sjælenes bibliotek.