Les dix enfants particuliers sont désemparés : Miss Peregrine, changée en oiseau, est prisonnière de son état, suite à l'attaque des Estres, des âmes damnées. Ils n'ont plus qu'un espoir : trouver une Ombrune susceptible de redonner à la directrice de l'orphelinat sa forme humaine.

Le petit groupe d'enfants échoue sur une rive de Grande-Bretagne, en 1940, alors que la Seconde Guerre mondiale fait rage. Aussitôt pris en chasse par des Estres déguisés en soldats, ils se réfugient in extremis dans une boucle temporelle. Là, vit une curieuse ménagerie d'animaux. Parmi eux, Addison, un chien parlant, leur apprend que Miss Wren, la dernière Ombrune en liberté, est partie libérer ses sœurs à Londres. Il devient urgent de rejoindre la capitale...